Модель нейкеда Yamaha MT-09 впервые была представлена в 2012 году на выставке Intermot-2012, а в серийное производство пошла с июня 2013 года. На рынке Северной Америки данная модель носит название Yamaha FZ-09.
Главной причиной создания Yamaha MT-09 послужило желание Yamaha составить достойную конкуренцию европейским моделям Triumph Street Triple и MV Agusta Brutale 800, а также иметь флагманскую модель в линейке необычных мотоциклов MT.
Как и все мотоциклы серии MT, Yamaha MT-09 не похожа на японскую модель в классическом его представлении, и главным образом это проявляется в двигателе - вместо классической "рядной четверки" используется рядный 3-цилиндровый двигатель объемом 847 куб. см., выдающий 115 л.с. мощности и 87,5 Нм крутящего момента. Данный выбор был обусловлен тем, что подобная компоновка двигателя, по мнению Yamaha, обладает лучшим соотношением мощности, крутящего момента и массы.
Из других технических особенностей Yamaha MT-09 можно выделить алюминиевую литую раму, 6-ступенчатую КПП, переднюю вилку перевернутого типа, асимметричный задний маятник, наличие системы управления тягой двигателя TCS (STD - стандарт, A - спорт, B - дождь), ABS и электронную дроссельную заслонку.
Конструкция задней подвески напоминает ту, что используется на модели MT-07 - амортизатор горизонтального расположения под седлом, максимально близко к центральной оси мотоцикла. Такая компоновка впервые была использована на мотоциклах марки Buell и позволяла добиваться идеальной развесовки без удлинения колесной базы (в отличие от использования моноамортизатора с традиционной системой крепления).
